妙因寺采用汉藏结合式建筑，按中国传统的中轴对称式格局，依次建有山门、天王殿、大雄宝殿。左右建有钏楼、鼓动楼、东西僧房。大雄宝殿旁建有平安白塔，塔前有敖包及古树化石。建筑面积二千四百平方米，占地约四万平方米。

　　大雄宝殿纵深九间，二层有金顶。一层正殿供养三世佛，即现在佛释迦牟尼佛，过去佛燃灯古佛，未来佛弥勒佛；两侧有观音、文殊二菩萨及十八罗汉。东西墙壁绘有藏传密宗八大护法、八大菩萨及白绿度母。三楼供奉藏传佛教格鲁派（黄教）创立者宗喀巴大师。